Se ha discutido largamente la independencia de esta disciplina del Derecho Penal; uno de los más decididos defensores fue Cuello Calón, para quien la Penología se ocupa del estudio de las penas y las medidas de Seguridad, así como de las instituciones pos carcelarias. 

Hay quienes hablan de Penología como sinónimo de Derecho Penitenciario o Derecho de Ejecución Penal, por cuanto que su objeto de estudio es el mismo, todo régimen de la aplicación de las penas y medidas de seguridad, empero, la diferencia radica en que el Derecho Penitenciario es una ciencia jurídica y la Penología es causal-explicativa o naturalista.